Half-Life raconte les aventures de Gordon Freeman, chercheur au Centre des matériaux anormaux de Black Mesa, un gigantesque complexe scientifique top secret totalement enterré sous la surface. Une expérience de télé-transportation ratée à laquelle il participait aboutit à une invasion extraterrestre. Gordon n´a désormais plus qu´un seul but : survivre et rejoindre la surface.
Pour cela il va parcourir le complexe en l´explorant et en effectuant des missions pour se débloquer.
Au cours de ses péripéties, Gordon va découvrir que beaucoup d´humains ont un rôle douteux et que derrière l´accident s´organise un complot militaire, d´ailleurs l´accident n´en était peut-être pas un...
Les Marines envoyés en secours viennent en fait tuer tous les survivants afin d´éliminer toute fuite.
De nombreux indices montrent que les scientifiques avaient connaissance de Xen et de ses habitants extraterrestres avant le déroulement du jeu. Ils utilisent les extraterrestres pour développer de nouvelles armes. Ils utilisent aussi une technologie de téléportation.
Enfin toute l´aventure de Gordon est suivie par un homme à la mallette assez mystérieux nommé "G-Man".