Scénario
Dans le jeu, le joueur incarne John, membre du projet SPARTAN II sous le surnom de "Spartan 117". Les soldats SPARTAN sont des humains génétiquement, biologiquement et mécaniquement modifiés et entrainés depuis l´enfance pour devenir l´élite des forces d´infanterie humaine. Les Spartan II ont d´abord été créés pour tenter d´empêcher une guerre civile puis, pour tenter de contrer l´invasion d´une alliance de races extraterrestres qui, guidées par leur foi, ont décrété que l´humanité était impropre aux yeux de ses dieux. Les extraterrestres, qui se nomment eux-même les Covenants ont donc déclaré la guerre aux forces du CSNU (Commandement Spatial des Nations unies) pour anéantir le genre humain.
Le jeu débute sur un croiseur de combat du CSNU, le Pillar of Autumn commandé par le Capitaine de Vaisseau Jacob Keyes, ce vaisseau fait partie des derniers à avoir pu s´enfuir après la destruction de la dernière planète étape avant la Terre. Le Capitaine Keyes ayant donné l´ordre de passer dans le sous-espace, a une coordonnée aléatoire, le vaisseau se retrouve devant une planète mourante dans l´orbite de laquelle gravite une planète anneau. Une dernière attaque des Covenants dans l´espace force Keyes a poser le vaisseau sur cet anneau. Le Spartan 117 recoit l´ordre de transporter Cortana, l´Intelligence Artificielle (IA) du vaisseau, pour que les informations qu´elle détient ne tombent pas dans les mains de l´ennemi.
La nacelle de secours quitte le vaisseau en phase d´atterissage, et trouve la terre ferme, le jeu peut commencer...
C´est alors que le joueur découvre Halo, la fameuse planète anneau, construite par une civilisation disparue, les « Forerunners ». Curieusement les forces covenantes sont déjà présentes à sa surface pour une raison inconnue.
Halo se trouve être une arme absolue créée par les Forerunners pour contrer une race parasite et qui, pour détruire cette race qui se répand en s´emparant des corps des hôtes qu´elle contamine, doit détruire ses hôtes, à savoir les humains comme les covenants.
Le spartan-117 et les soldats du Pillar Of Autumn se retrouvent à quelques centaines contre des milliers de Covenants. Halo est une arme terrible et il faut devancer les extraterrestres, les empêcher de l´activer.
Alors que les Covenants veulent l´anneau pour initier le "Grand Voyage" (voir fiche sur les Covenants) et que les humains se battent pour arracher cette arme des griffes extraterrestres, la vérité va bientôt ressurgir. Une race extraterrestre parasitaire, les Floods, enfermée dans les obscures profondeurs de l´anneau depuis des milliers d´années, est libérée involontairement par les Covenants. Ce mystérieux ennemi représente en réalité un danger mille fois plus grand que Halo, aussi puissant soit-il, et ce ne sera plus pour la survie de l´humanité seule, mais pour celle de toutes les formes de vie de l´univers, que le joueur se battra.
...(pause de 2 ans^^)...
Après la destruction de Halo, le Spartan 117, l´Adjudant (qui devient Major dans cette épisode), s´échappe avec Cortana, l´Intelligence Artificielle d´un vaisseau du CSNU Pillar of Autumn et rejoignent la Terre puis la Station Orbitale "Le Caire" pour y être distingué pour son combat contre les Covenants et de la destruction du 1er Halo. C´est alors qu´une flotte covenante apparaît non loin de la Terre ! Bien que la flotte soit inférieure a celle qui a détruit la planète Reach cette dernière parvient a mettre a mal le réseau de défense et réussi à s´ infiltrer dans la station et à y poser une bombe (qui par la suite sera désamorcé par Cortana avec l´ aide du Spartan 117) et à parvenir jusqu´à la Terre (après que le major aie détruit un vaisseau amiral) ou de furieux combats s´engagent pour la survie de l´espèce humaine. C´est dans cette optique que démarre le second opus de Halo ou le Maître Chef est embarqué dans le vaisseau de Miranda Keyes, la fille du commandant Keyes du premier épisode d´Halo a la poursuite d´un croiseur covenant parvenu jusqu´à un nouvel anneau. Les covenants se préparent a activer l´anneau et sans le vouloir annihiler toutes vies pensante dans la galaxie, le Maître Chef demeure alors le dernier rempart de l´espèce humaine...
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