Salut,
Les trophées c'est le plus simple, si tu les synchronises régulièrement tu les retrouveras quand tu utiliseras ta nouvelle PS3 (en utilisant le même ID bien entendu).
Pour les saves de jeu, t'embêtes pas à créer les dossiers PS3/SAVE et compagnie, ça les crée tout seul quand tu sauvegarderas sur ta clé.
Et pour finir, c'est uniquement en essayant de les copier que tu sauras si elles sont protégées ou pas. L'alternative étant d'avoir le PSN+ qui propose de placer tes sauvegardes en ligne.