Que tu la mettes horizontalement ou verticalement, tu n'auras pas de soucis. C'est juste que verticalement, tu as peut-être plus de chances de la faire tomber ou vibrer, et là ça peut être problématique.
En revanche, si tu la mets verticalement, la dissipation de la chaleur sera idéale car l'air chaud "monte", il est plus léger que l'air frais ou ambiant. C'est beaucoup mieux pour la chaleur de ta console (t'as déjà vu un PC horizontal? C'est très rare).
Personnellement, j'ai ma Xbox et ma PS3 posées verticalement, je n'ai aucun problème!