Avant de faire la mise à jour, ils te conseillent de faire une sauvegarde de tes données, puisque la fonction qui permet d'utiliser linux est supprimée.
Donc tu ne pourras plus y accéder depuis ta PS3, mais tu peux toujours tenter de les récupérer en branchant ton disque dur sur un PC (mais je garantis pas le succès de l'opération, ça me parait juste possible).