Tu as formaté quoi éxactement ? le disque au complet ou la partition PS3 ? As tu supprimé la partition Autre OS ?
Peut être que ton soucis vient simplement de là.
En principe un "formatage" ne se fait que sur la partition choisie donc là je suppose qu'il s'agit de reformater la partition PS3. Manque peut-être en effet la partition Linux, mais tu dois dans ce cas la libérer ou la supprimer pour la réafecter à ta PS3.
Regarde donc dans les options de formatage ou suppression du XMB