Le GPU est tout simplement le processeur de la carte graphique (en gros) tout ce qui permet de faire le calcul 3D et ainsi alléger le calcul CPU. la t°GPU est donc la t° du processeur graphique et la t°de la carte graphique est bien comme tu dis, la température du composant entier.
t° carte graphique :
http://www.adnpc.net/actualite/6949-cartes-graphiques-degagement-thermique.html