je t'ai peut être trouvé la solution
http://www.commentcamarche.net/repar/fat32.php3
"La FAT32 autorise donc des partitions d’une taille beaucoup plus élevée (jusqu’à 8 téraoctets). En réalité la taille théorique maximum d'une partition FAT32 est de 8 To, toutefois Microsoft la limite volontairement à 32 Go sur les systèmes Windows 9x afin de favoriser NTFS"
en clair, c'est crosoft qui limite, donc avec un live CD de linux tu devrais pouvoir faire une partition fat32 de plus grande taille
l'article de ccm précise que les clusters devront faire 32Ko, tu auras peut être a faire attention a ça