Bonsoir,
J´ai pas tout lu, donc désolé si repost.
Si tu changes de CM, il te faut normalement réinstaller XP, pour qu´il reconnaisse correctement la CM.
En installant sur deux disques, je suis pas sur que tu puisses booter sur l´un ou l´autre sans tripoter le BIOS.
Enfin, s´il y a une prise IDE sur la CM, il y aura une nappe. Idem pour le SATA.
Re-enfin, le boot.ini est paramétrable, mais à tes risques et périls. De toute façon, tu ne peux pas le configurer pour deux disques durs différents...