Généralement, on ne trouve qu´un port Pci-express/Agp sur une carte mère. Mais le nombre moyen de ports Pci est de 3 ou 4.
Pour faire simple, un port pci-express et le descendant d´un port agp. Sinon, jcrois que la vraie différence technique vient de la fréquence de sortie vidéo.
Et puis sur un port pci-express on n´est pas restreint à l´utiliser pour une carte graphique.