J´ai le même problème que toi et je l´ai résolu.
j´ai remplacé sur mon pc Unika mes 2 6600LE par une 8800 GTS et elle était en x8.
En cherchant sur le site de msi, j´ai trouvé la solution.
En fait, entre les 2 slots PCIe de la carte il y a un bridge SLI (c´est une carte rouge avec marqué dessus SLI PCIx8...etc...).
Il faut le sortir en dégageant les crochets métalliques vers l´extérieur et le remettre en place en le tournant dans l´autre sens.
Et là au redémarrage, PCIe x16.
Voilà!
Si j´ai bien suivi, on a le même pc avec une carte mère MS 7185. Tu devrais donc avoir le même bridge à retourner.