Moi j´utilise "Sorenson squeeze" qui gère les wmv et les avi. Je ne l´est jamais utilisé dans ce sens la mais sa doit fonctionner.
Seul soucis il est payant et en plus il requierre impérativement l´install de quicktime pro aussi payant.
Sinon fouille sur telecharger.com dans la rubrique video encodage ya plein de soft gratuit et peu etre de quoi faire ce que tu cherche.