Si XP est installé sur un disque dur converti en NTFS, oui, ça risque de coincoin.
Tu pourras pas démarrer sur la disquette de win 98.
Pour savoir si tu es en FAT32 ou en NTFS ( c´est pas parce que tu as win XP ou win 2000 que tu es forcément en NTFS), fait un clic droit sur le poste de travail, puis "gérer".
Sur la gauche, clic sur "gestion des disques".
Et sur la droite, tu verras pour chaque partition quel est le système de fichiers utilisé.
Il existe des utilitaires pour convertir une partition de NTFS à FAT32.
Va voir sur http://www.telecharger.com
Il y a peut-être un moyen plus simple, surtout si ça te gêne pas de perdre toutes les données de ton dd, mais je le connais pas.