Oui, Windows démarre depuis ton SSD mais PAS ta partition de boot (démarrage) qui elle se trouve sur ton second disque, c'est un peu "con" mais en gros t'as pour l'instant "besoin" de ton second disque pour démarrer sur le premier ^^
Soit tu effectues la méthode de Toutencanon soit tu peux aussi déconnecter ton second disque -> démarrer sur un iso de windows -> recréer la partition MBR depuis l'iso sur ton premier disque, une méthode comme une autre ...