Bah non, system32 sera "effacer" comme tout le reste, et il sera réinstallé quand tu installeras ton OS.
Je sais pas trop comment ça fonctionne à ce niveau là, mais non y'a pas de risque et tu n'as aucun backup à faire.
En gros, ça ramène l'ordi à l'état où il était quand tu l'as acheté, donc il est fonctionnel, seulement un peu vide 