C'est normal qu'il te reste plein de câbles, c'est pour cela qu'il existe des alimentations modulaires et semi-modulaires qui permettent de ne connecter à l'alim que les câbles dont on a besoin.
Avec une alimentation classique, il va falloir te débrouiller pour les caser derrière (pris la première photo qui correspond à "derrière" que j'ai trouvé sur google: http://www.google.fr/imgres?um=1&sa=N&biw=1920&bih=914&hl=fr&tbm=isch&tbnid=wnLC6yWKkbi1qM:&imgrefurl=http://www.clubic.com/forum/hardware-general/besoin-d-avis-configuration-1000-unite-centrale-resolu-id764860-page1.html&docid=xlr17EMtfVkMwM&imgurl=http://img34.imageshack.us/img34/372/p1060658min.jpg&w=393&h=335&ei=pDazUZD7KMbL0QXCg4HYCw&zoom=1&iact=hc&vpx=190&vpy=396&dur=505&hovh=207&hovw=243&tx=154&ty=91&page=2&tbnh=138&tbnw=163&start=58&ndsp=67&ved=1t:429,r:81,s:0,i:333 ) ou sinon dans un endroit pas trop gênant pour le flux d'air du boitier.
Tant que t'as le 2x4pins, le 24pins, le (ou les) pci-e sur la carte graphique, des sata sur disque(s) dur(s)/SSD et lecteur/graveur CD/DVD: t'as tout branché.
Au pire, t'auras peut-être besoin de molex selon les ventilos de ton boîtier.
Pour le câbles pci-e, c'est normal qu'il soient en 6+2pins: certaines CG ont besoin de 6pins, d'autres de 8pins, d'autres encore de 2x6pins, ou encore de 6+8pins, ou enfin de 2x8pins. Tu fais selon les besoins de ta carte. S'il te faut du 6pins, bah tu laisses les 2 pins "détachables" de côté.
Pour le header, diode, etc... c'est les cables du front panel, sachant que ceux qui ont un triangle correspondent au +, il faut consulter la notice de la CM pour voir ce qui va où.
Derniers branchement à ne pas oublier: les SSD/Disque dur/lecteur-graveur CD/DVD doivent être relié à l'alim mais aussi à la CM via d'autres cables sata fournis avec la CM.