C'est deux technologies complètement différentes.
Le PHP est un langage qui s’exécute sur un serveur (Apache).Un client effectue une requête et le serveur renvoie une réponse qu'il convertit en HTML.
Le javascript est un langage côté client,celui-ci s’exécute à l'intérieur du navigateur du client et peut être modifier et désactiver par celui-ci.
Le langage côté serveur (PHP,Java,ASP,Ruby etc) est obligatoire au bon fonctionnement d'une vrai application web,le javascript ne l'est pas.
JS : Coté client,sert à améliorer l'expérience de l'utilisateur(interface) ou à soulager la charge du serveur en déléguant certaines opérations non critiques au client.
PHP : Côté serveur,sert à déployer ton application.L'architecture ainsi qu'une bonne partie de la logique y est défini.Gère également tout ce qui est sécurité,validation,authentification,BD etc.