Il faut savoir que le gros changement entre les normes de PCI-E c'est la bande passante, qui double à chaque révision.
Il faut aussi savoir que branchée en PCI-E 2.0 8x (qui équivaut à du 3.0 4x ou 1.0 16x donc), une carte récente n'est que peu bridée.
Donc non, aucune importance que tu ne soit pas en 3.0 ; du 2.0 16x suffit amplement.