Créer des partitions sur un disque dur permet de séparer le système des données, ça n'a rien à voir avec un changement de carte mère.
Si tu changes de carte mère, l'idéal est de formater et de ré-installer entièrement le système. Par contre si tu veux conserver tes données, il est préférable de les copier sur un second disque dur, ou un disque externe, bien que tu peux les retrouver normalement après installation dans un dossier "windows old".