Pour infos je suis sur windows 7.
cela faisait pareil pour moi, je suis allez dans les fichiers d'install de After effects CS6 "c:\programmes\adobe\after effects cs6\support files" et j'ai chercher GPUSniffer, il faut faire clic droit, propriété puis allez dans l'onglet compatibilité et cocher "Exécuter ce programme en mode compatibilité pour VISTA"
Et depuis j'ai plus jamais eu de problème.