Ca se reformate pas de soucis, les systeme de fichiers évolue, pour les principaux:
windows XP à 7: ntfs
windows avant xp: fat 32 voir même fat
linux sur un noyau pas trop ancien ext4
sur un noyau plus ancien: ext3
Apple utilise encore un autre système
Voila pour la petite explication, sinon pour ton disque pas de soucis au moment de la réinstallation windows formatera lui même dans le bon format