Faites des tests 
Même pour choisir les dimensions de crayons ou les gommages partiels, il faut maintenir L sur le menu des outils.
Pareil maintenez "L" sur la vue "cinéma-like" de votre flipnote pour fusionner les calques.
Enfin, maintenez "L" partout, ça marche et vous aurez alors des possibilités incommensurable comme mettre deux couleurs différentes dans un calque après la fusion (je ne sais plus si ça marche réellement).
M'enfin en activant les outils experts, vous pourrez avoir de nombreux choix.
Je vais créer une flipnote de synthèse pour les joueurs ne se familiarisant pas avec le logiciel si j'ai le temps.