Les homebrews, c'est comme des roms au niveau du format : c'est du .nds
Donc, tu peux les mettre où tu veux sur ta micro SD.
La seule différence, c'est que pour certains homebrews, tu vas devoir les patcher avec le DLDI. L'intérêt d'avoir fait ça, c'est pour les développeurs. Grâce à ça, ils n'ont pas à publier sur le net des dizaines et des dizaines de versions pour chaque linker de leur homebrew.
Donc, perso j'ai utilisé ce tuto à l'époque, mais bon, il y a peut-être plus simple mais je me suis habitué 
http://www.nintendomax.com/index.php?topic_id=4995
Sinon, il y a des homebrews nettement plus compliqués à installer, mais là tu dois chercher en fonction de l'homebrew (DS Organize, Doom DS, Quake I et II DS, Warcraft, DS Linux ...).
Voilà 