Tant que tu utilises des linkers qui se placent dans le port de cartouches DS (communément appelés linkers slot 1), tu n'auras pas de problèmes peu importe la version de ta DS. Et ça tombe bien car ça correspond à ce que tu recherches ^^ (r4, m3, cyclo, supercard,etc)
En ce qui concerne les avantages et les inconvénients il y en a tellement qu'il vaut mieux les rechercher soit même (beaucoup d'articles et de tests sont disponibles). Personellement j'ai une préférence pour le r4, mais chacun a sa préférence pour les linkers. Ensuite pour la mémoire tout dépend de tes besoins. Par exemple une carte 2 Go fait donc 2000 Mo, une musique fait environ 4 Mo, une vidéo 80 Mo, quand aux jeux ils varient de 8 Mo à 256 Mo (rare ^^). Avec ces informations tu peux estimer ce que tu peux mettre sur la Micro SD
En ce qui concerne les applications pour la DS, la encore il en existe énormément. Cela va du simple logiciel de dessin, jusqu'aux applications PDAs ou logiciel de chat en wifi. Ces logiciels sont appelés homebrew.