Les modifications par rapport à la DS sont :
* 41 % plus petite et 21 % moins lourde que la DS originale
* Deux écrans beaucoup plus lumineux et contrastés (éclairage réglable selon 4 niveaux de luminosité, permettant une visibilité agréable dans un environnement lumineux)
* Croix directionnelle réduite de 16 % par rapport à la DS originale ; en revanche les boutons A/B/X/Y gardent les mêmes dimensions que sur la première version de DS. Les boutons Start et Select se retrouvent désormais sous les boutons A/B/X/Y.
* Stylet d´un diamètre supérieur d´1 mm et plus long d´1 cm par rapport au stylet d´origine. Il se range latéralement.
* Durée de la batterie : 12-14 heures de jeu avec la luminosité la moins forte, 5 heures de jeu avec la luminosité la plus forte.
* Port Game Boy Advance moins profond : les cartouches GBA dépassent d´environ 1 cm. De plus le port est comblé par une cartouche vierge ce qui permet d´éviter la détérioration et permet de compléter le design de la console (l´emplacement des cartouches Game Boy Advance peut être utilisé pour y placer une cartouche vibrante).
* La dragonne n´est plus fournie.
* Design proche de celui de la Nintendo Wii, croix directionnelle identique à celle de la Game Boy Micro.
* Microphone déplacé entre les deux écrans.
* Bouton Power, avec système à glissière, placé sur le côté droit de la console.
* Quatre coloris sont disponibles en Europe : Blanc, Noir, Rose (et Argent depuis le 12 octobre 2007).