J´ai le même problème que toi.
Par contre j´ai lu quelque part qu´il fallait :
1) copier un fichier sauvegarde (de n´importe quel jeu)
2) le renommer EXACTEMENT comme ton .nds de ScummVM
3) démarrer le homebrew
4) faire une sauvegarde
5) éteindre la console
6) la rallumer tout de suite après et charger la sauvegarde.
Voilà il me semble que la méthode s´était ça, et qu´une fois faite elle te permettait de dormir sur tes 2 oreilles. Maintenant je ne l´ai pas essayé et j´ai peut-être écrit des erreurs.
Enfin essaye toujours, on sait jamais....