Bon, une vrai réponse à la question posée...
Les mods s´installent dans le répertoire de Morrowind et tu les actives ( ou les désactives) via le launcher du jeu... De même, comme il s´agit souvent d´un seul fichier *.esp, tu peux facilement ensuite l´effacer de ton répertoire.
Il y a effectivement des incompatibilités entre mods, dès lors que certains modifient les mêmes cells. Donc, il faut y aller un par un pour les activer et la plupart du temps, ça passe. Au pire, tu désactives le mod qui pose problème.
Marina