Je sais pas, j´ai aussi la GOTY Edition et pas de probleme particulier, et dans balmora le jeu tourne un peu plus lentement qu´ailleurs.
Desactive l´Antialiasing s´il est activé, c un truc qui bouffe ENORMEMENT de ressources. Et Morrowind est deja un jeu qui bouffe bcp de ressources. Seules les dernieres cartes video font vraiment bien tourner les jeux avec antialiasing.
Maintenant, mon opinion sur ton problème:
Si le jeu tourne nickel par ailleurs, et tombe à 15 FPS dans Balmora ( ce qui reste tout de même correct et jouable), te prends pas trop la tête et joue comme ça. C pas parce que tu tournes pas à 50 FPs en permanence que tu peux pas jouer.