Pour ce qui est de la carte, je dirais que c'est chaque lieu qui est défini par un booléen (oui/non) et donc, si la carte a été réinitialisée par un quelconque moyen (MGE fait ça s'il est mal installé, entre autres, j'ai eu le coup également), tous les booléens sont remis à leur état de base, soit celui négatif, ou "non découvert".
Pour les personnages/créatures normalement hostiles qui ne le sont plus, c'est la variable "fight" qui est plus ou moins élevée selon la créature, et détermine les chances que cette créature attaque.
Un scrib, par exemple, a une variable "fight" de 50, ce qui signifie qu'il ne se battra que pour se défendre, et laissera tomber si l'ennemi s'en va, ou fuira s'il est trop fort.
Un Ogrim a une variable "fight" de 90, ce qui signie qu'il attaquera à vue et n'abandonnera pas si facilement, même si le PJ fuit ou s'il est très puissant.
Un crabe des vases a une variable "fight" de 82, ce qui implique qu'il attaquera à vue, mais est susceptible de tenter de fuir ou d'abandonner un combat.
Tu peux modifier cette variable dans le TESCS
Pour ce qui est des bugs graphiques, ça vient soit des textures/meshes, soit du moteur graphique en lui-même.
Pour les textures et meshes, si tu es capable de les éditer, tu peux faire ce qui te plaît.
Pour le moteur graphique, en revanche, je n'y connais pas grand chose, je sais juste que FPS Optimiser et MGE le modifient à l'envi.
Pour ce qui est des bugs de collision, idem, à ceci près que tu peux supprimer toute collision en tapant "tcl" dans la console.
Enfin, pour les effets des artefacts "usurpés", c'est souvent dû à un bug de sauvegarde.