Le territoire d’Israël (hors les zones occupées de Cisjordanie, de Jérusalem-Est et du plateau du Golan), couvre environ 20 770 km2, dont à peu près 2 % sont occupés par des lacs. Le territoire sous juridiction israélienne, qui inclut la totalité de Jérusalem et les hauteurs du Golan atteint 22 072 km2. La superficie totale sous contrôle israélien direct ou partiel, qui comprend également les territoires palestiniens de Cisjordanie et exclut Gaza, mesure au total 27 799 km2.
En dépit de sa taille relativement réduite, Israël regroupe des spécificités géographiques variées allant du désert du Néguev au sud jusqu’aux pentes et monts de Galilée et du Golan tout au nord. La plaine côtière israélienne sur les rives de la Méditerranée accueille environ 70 % de la population totale du pays. À l’est des collines centrales de Samarie coule le Jourdain qui part du lac de Tibériade au nord pour se jeter plus au sud dans la Mer Morte, le point le plus bas sur Terre, situé au sud-est de Jérusalem. Plus au sud de cette mer saturée en sel, la vallée de l’Arabah ou Haarava au climat sec et aride, se prolonge jusqu’au Golfe d’Eilat en Mer Rouge, refuge d’une importante vie aquatique due à la présence de nombreux récifs et coraux.
Il existe des particularités uniques à Israël et à la péninsule du Sinaï, ce sont les « makhteshim » ou cratères créés par l’érosion. Le plus grand makhtesh du monde est le cratère de Ramon dans le Néguev qui mesure 40 km de long sur 8 km de large. Un rapport environnemental récent[Lequel ?] sur le bassin méditerranéen indique qu’Israël détient la plus grande variété d’espèces de plantes répertoriées au kilomètre carré de tous les pays méditerranéens.[réf. souhaitée]
Le climat des zones côtières peut être très différent de celui des zones montagneuses du pays, particulièrement pendant les mois d’hiver. Les régions de Tel Aviv et Haïfa ont un climat typiquement méditerranéen avec des hivers doux et pluvieux et des étés chauds et humides. Les montagnes au nord sont par contre souvent enneigées l’hiver, et Jérusalem peut aussi connaître des chutes de neige.
La température la plus élevée du continent asiatique (53,7 °C) a été atteinte en 1942 au Kibboutz (village associatif) de Tirat-Zvi au nord du Jourdain[réf. souhaitée]. De mai à septembre, les journées de pluies sont relativement rares. Les faibles ressources hydriques de l’État d’Israël l’ont contraint très tôt à prendre des mesures visant à favoriser les techniques limitant la consommation d’eau10. Israël produit une partie croissante de son eau par des procédés de désalinisation. Le fort ensoleillement a également favorisé l’implantation d’incubateurs technologiques sur les énergies solaires, ce qui place Israël parmi les nations les plus avancées dans ce domaine, tant par la consommation par habitant que par le développement technologique dans ce domaine11,12. Un projet de très grande centrale solaire mondiale est actuellement envisagé dans le Néguev