Le Docteur explore généralement l'univers de façon aléatoire, utilisant ses vastes connaissances en science, en technologie et en histoire pour se sortir des mauvais pas. Le caractère imprécis de ses voyages est initialement attribué à l'âge et au manque de fiabilité du système de navigation du TARDIS. Lors des épisodes The War Games et Planète Morte, on apprend que le Docteur a volé le TARDIS à son peuple. Il n'était sans doute pas à l'aise avec ses systèmes de navigation et donc incapable de le faire fonctionner correctement. Il précise d'ailleurs dans le season finale de la saison 4, La Fin du voyage, que pour naviguer correctement, le TARDIS nécessite 6 pilotes, ce qui peut aussi expliquer les erreurs de navigation. Dans L'Âme du TARDIS, on découvre que le TARDIS possède une âme et une conscience propre lors de son incarnation en femme et que c'est elle qui a décidé de partir avec le Docteur en se laissant voler par lui. Elle explique avant de disparaître que parfois elle décide d'emmener le Docteur là où on a besoin de lui plutôt que là où il souhaite aller.
Le Docteur visite les planètes, en quête d'aventure. Le Docteur voyage avec des compagnons, souvent de leur plein gré, même s'il est arrivé, surtout au début de la série, qu'il ait des compagnons « accidentels ».
Le Docteur possède également un tournevis sonique doté de diverses fonctions : ouvrir les portes, manipuler des objets, fermer une issue, etc. Il dispose aussi de nombreux gadgets dont le papier méta-psychique.
Enfance
On ne sait pas grand-chose de l'enfance du Docteur. La première série fait souvent référence à l'époque où il était à l'Académie. Il y avait parmi ses professeurs Borusa, un Seigneur du Temps qui devint président du haut conseil de Gallifrey. Parmi les autres élèves notables de l'Académie, on peut citer le Maître et La Rani. Il faut attendre le troisième Docteur pour avoir des détails sur sa vie d'avant l'Académie : il a grandi dans une maison sur le flanc d'une montagne. Le Docteur fait aussi référence à un ermite qui vivait sous un arbre derrière sa maison et qui l'inspirait quand il était déprimé. Le huitième Docteur, dans le film Le Seigneur du Temps (1996), raconte à Grace Holloway qu'une fois, il a vu une pluie de météorites en compagnie de son père au sommet d'une colline gazonnée.
Dans La Cheminée des temps, Madame de Pompadour voit quelques-uns de ses souvenirs d'enfance lors d'un contact télépathique et s'écrie : « Oh, quelle enfance si solitaire ! Oh Docteur, si solitaire vraiment, si triste et si seul… Un petit garçon abandonné, seul par le passé et seul maintenant… Comment supportez-vous ça ? ». Cependant, quand Martha lui demande s'il a un frère dans l'épisode La Loi des Judoons, il répond simplement : « Non… je n'en ai plus, il ne reste plus que moi ». Dans le même épisode, il indique de façon narquoise qu'à la crèche, lui et ses camarades jouaient avec des briques de rayons X.
Lors de l'épisode La Terre volée, lorsqu'il se trouve avec Donna devant la cascade de Méduse, il lui confie « Je suis venu ici quand j'étais enfant. J'avais alors 90 ans. »
Dans l'épisode Que tapent les tambours, le Docteur décrit la cérémonie d'initiation à laquelle sont soumis tous les enfants de l'Académie : à l'âge de huit ans, ils sont conduits devant un portail et doivent observer le Vortex du Temps, au risque de sombrer dans la folie, même si le spectacle peut aussi en inspirer certains. Le Docteur avoue s'être enfui après la cérémonie.
Famille
Les références à la famille du Docteur sont rares dans la série. Pendant les deux premières saisons, il voyageait avec sa petite-fille, Susan Foreman. Il précise dans La Loi des Judoons qu'il n'a plus de frère, ce qui tendrait à prouver qu'il en a eu un auparavant.
Le Docteur révèle à Rose dans Londres 2012 qu'il a déjà été père. Il fait la même révélation à Donna dans La Fille du Docteur. Lors de ce même épisode, il se retrouve « accidentellement » père d'une jeune fille, Jenny, qui se fait tirer dessus. Le Docteur, la croyant morte, la laisse sur place pour permettre à ses amis de lui faire une cérémonie digne, mais la fin de l'épisode démontre qu'elle est toujours en vie -étant clonée à partir d'un Seigneur du Temps elle possède 2 cœurs, et a été capable de se régénérer.
Dans le film Le Seigneur du Temps (1997), le huitième Docteur affirme être à moitié humain du côté de sa mère, une origine visible par ses yeux humains et non Seigneur du Temps. Il avoue néanmoins dans des publications ultérieures, dont la canonicité est laissée à l’interprétation du public, que cette information était un mensonge.
Vie amoureuse
« Je suis éternel. Je me régénère mais les humains dégénèrent. Vous vieillissez et mourrez. Imaginez ce qu'on ressent pendant que celle que vous... Vous pouvez passer le reste de votre vie avec moi mais je ne peux pas passer le reste de ma vie avec vous. Je dois continuer. Et tout seul. C'est le lot des Seigneurs du Temps. »
— Le Docteur à Rose Tyler, dans L'École des retrouvailles
De sa vie familiale avant son arrivée sur Terre, on sait peu de choses. Le Docteur voyage initialement avec sa petite-fille Susan Foreman, mais ne fait que brièvement allusion à sa famille dans plusieurs épisodes.
Longtemps la vie sexuelle du Docteur est restée un tabou, la série étant destinée à un public familial.
Relation entre le Docteur et Rose Tyler
Article connexe : Rose Tyler.
La nouvelle série change un peu la donne en jouant avec l'idée d'une idylle entre le Docteur et son compagnon Rose Tyler et on trouve de nombreux sous-entendus, notamment de la part de Mickey Smith, le petit-ami de Rose, qui voit dans le Seigneur du Temps un rival pour lequel son amie le délaisse.
Dans la saison 1, lors du double épisode Drôle de Mort/Le Docteur danse l'introduction du personnage du Capitaine Jack Harkness est l'occasion de nombreux sous-entendus sexuels, notamment le fait que l'on se demande plusieurs fois si le Docteur « danse », métaphore de la sexualité du personnage et le Docteur montre des signes de jalousie envers Jack Harkness. Dans le final de la première saison, À la croisée des chemins, le Docteur embrasse Rose (l'objectif étant cependant, de lui sauver la vie).
Dans le premier épisode de la saison 2, Une nouvelle Terre, Rose l'embrasse à son tour mais elle est alors possédée par Cassandra. L'arrivée de Sarah Jane Smith dans l'épisode L'École des retrouvailles ravive la jalousie de Rose, surtout que cette ancienne compagne du Docteur a elle aussi éprouvé des sentiments pour lui. Dans ce même épisode, quand Rose s'écrie « J'ai cru que vous et moi on était… j'ai du mal à comprendre. […] Ce que je vois aujourd'hui dans l'avenir c'est que vous nous abandonnez derrière vous. Est-ce que c'est ce qui m'attend ? », le Docteur lui répond : « Non. Non, pas vous. ». Rose est également contrariée par l'arrivée de Mickey dans le TARDIS.
Dans La Cheminée des temps, le dixième Docteur partage un baiser passionné et une histoire romantique avec Madame de Pompadour. Rose ne semble pas en souffrir alors qu'elle se montre intriguée par une certaine « Lucy » à laquelle le Docteur fait référence dans l'épisode suivant, Le Règne des Cybermen. Dans La Planète du Diable, alors qu'ils pensent rester coincés sur une planète, Rose suggère maladroitement qu'ils pourraient toujours chercher un logement ensemble ; un peu plus tard, elle l'embrasse pour lui souhaiter bonne chance. Dans la seconde partie de cet épisode, pensant mourir, il demande à Ida Scott de lui transmettre un message puis se rétracte, affirmant qu'elle le sait déjà. Enfin, dans Adieu Rose, alors que Rose est prisonnière d'un univers parallèle, il parvient à la contacter et elle lui avoue qu'elle l'aime. Il commence à lui répondre, mais il a juste le temps de dire : « Rose Tyler… » avant que le lien ne se brise. La scène suivante le montre se tenant debout, silencieux, une larme coulant sur sa joue.
Dans le final de la saison 4, La Fin du voyage, il retrouve Rose avec un bonheur immense, mais la ramène dans son univers avec la copie mi-humaine/mi-Seigneur du Temps du Docteur.
Relations du Docteur avec ses compagnons (Martha, Donna, Amy/Rory, Clara)
Après le départ forcé de Rose, le Docteur fait la connaissance de Martha Jones qui devient sa nouvelle compagne. Il l'embrasse dès leur première rencontre dans La Loi des Judoons, mais sans aucun motif amoureux : il s'agit uniquement d'effectuer un transfert génétique pour distraire leurs poursuivants. Il est alarmé quand Martha flirte avec lui dans le TARDIS, et lui signifie clairement qu'elle ne prendra jamais la place de Rose ; un peu vexée, la jeune femme affirme alors être attirée exclusivement par les humains. Plus tard, dans L'Expérience finale, elle avoue son béguin à Tallulah. Mais le Docteur ne partage pas ses sentiments et elle a l'impression de ne pas compter pour lui. Ce sentiment est exacerbé par leur aventure dans le double épisode La Famille de sang/Smith, la Montre et le Docteur où le Docteur, désormais humain, dépourvu de tout souvenir et portant le nom de John Smith, ne tombe pas amoureux de Martha mais de l'infirmière Joan Redfern. Dans Que tapent les tambours, le Docteur ajoute un filtre de
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