les pirates de l’espace ont découvert une source d’énergie toxique appelée Phazon sur Tallon IV et que cette civilisation, détruite par les pirates, a laissé derrière elle 12 artéfacts de puissance. Les pirates, voulant absolument gouverner sur l’univers, tentent depuis ce temps d’extraire le Phazon de la planète et de l’injecter dans des organismes afin d’en faire des guerriers d’élite et ainsi une armée qui sera invincible.
Samus est envoyée pour enquêter