En fait Jénova a atterri sur la Planète 2000 ans auparavant et les Cetras ont réussi à l´enfermer. Elle veut donc détruire la Planète coûte que coûte et pour cela elel a besoin du météore. Seulement, Séphiroth est le seul à pouvoir utiliser le météore car il faut avoir beaucoup d´Energie spirituelle pour l´invoquer (ce que Séphiroth a, au centre de la Planète).
Jénova embrouille donc Clad pour qu´il achemine la matéria noire à Séphiroth
Sephiroth quant à lui, il veut aussi détruire le monde car il croit avoir été créé etc.. Seulement lui, il attend la matéria noire pour pouvoir invoquer le météore.
Jénova et Sephiroth veulent donc tous deux la destruction de la Planète.
Seulement, on ne sait pas si c´est Jénova qui manipule Séphiroth (plus probable pour moi, car Sephiroth possède des cellules de Jénova) ou si c´est Sephiroth qui dicte à Jénova de lui apporter la matéria noire.