Le train à charbon
* – Eléments : Catastrophe | Méga-Matéria
* – Matérias : Ultima
* – Ennemis : Arme d'aigle | Conduit de gaz | Groupe d'attaque | Wolfmeister
Il est fortement conseillé d'enregistrer avant cette partie du jeu, étant donné que vous n'aurez qu'une seule occasion pour récupérer chacune des quatre Méga-Matérias. Il faut tout d'abord rentrer dans Corel Nord et vous rendre au réacteur du Mont Corel pour tenter d'obtenir la première de ces matérias, très convoitées par la Shinra. Pour cela, le mieux est de vous poser juste à côte de Corel Nord et de traverser une partie du Mont Corel (en sens inverse) accessible par le Nord du village. Traversez les différents écrans et sauvegardez dès que vous croiserez le point de sauvegarde, juste avant l'écran du réacteur. Une fois à l'écran du réacteur, rejoignez l'entrée près de laquelle se tient deux gardes et approchez-vous-en pour déclencher un combat contre deux Groupe d'attaque. Après le combat, un train à charbon sort du réacteur pour acheminer la Méga-Matéria jusqu'à Corel Nord. Cid décide de prendre les choses en main et emprunte une locomotive pour rattraper le train. Il vous explique qu'il faut actionner alternativement les deux leviers en haut et en bas. Pour cela, les contrôles vous sont fournis : [haut] et [triangle] pour faire avancer la locomotive et un compte à rebours de dix minutes s'enclenche. Si ce compte à rebours atteint 0 après avoir rejoint la locomotive, le train s'écrasera sur le village, d'où l'importance de se dépêcher. Lorsque vous aurez rattrapé le train, l'équipe sautera sur celui-ci et vous serez confronté à un combat par wagon, jusqu'à rejoindre la locomotive.
Sur le premier wagon, vous combattrez un Conduit de gaz et, sur le second, deux Conduit de gaz : des ennemis assez simples. Sur le troisième et quatrième wagon, cela se corsera avec deux ennemis puissants : Wolfmeister et Arme d'aigle (auquel vous pourrez voler une armure unique, le Bijou de guerrier). Pour finir, un combat vous opposera à un vulgaire Groupe d'attaque sur la locomotive, avant que Cid prenne les contrôles du train. Essayez de déplacer les leviers comme il vous le demande, mais cela ne marchera certainement pas (appuyez sur les quatre touches indiquées à la fois). Ne prêtez pas attention aux commentaires des deux autres membres et continuez à essayer de freiner. Bien que le train semblera prendre de la vitesse, Cid finira normalement par le stopper avant qu'il ne détruise encore plus Corel Nord. Dès votre arrivée, vous recevrez la première Méga-Matéria (dans le cas contraire, il vaut mieux que vous recommenciez). Faites mine de sortir de la ville et les villageois s'approcheront pour venir vous remercier. En reconnaissance, un jeune garçon vous confiera la matéria Ultima (dans le cas contraire, la matéria s'achètera pour 50000 Gils) et le village vous offrira une nuit gratuite à l'auberge. Quand vous serez de nouveau sur pieds, dirigez-vous dans la maison la plus proche où vous apercevrez une fille avec un jean, une casquette et la peau mate. Parlez-lui et elle vous donnera Catastrophe, un objet permettant d'apprendre la limite niveau 4 de Barret. Quittez désormais la ville pour regagner votre Hautvent et partez en direction du Fort Condor, où vous attend la seconde Méga-Matéria.
Dernière bataille au Fort Condor
* – Eléments : Méga-Matéria
* – Matérias : Phénix
* – Ennemis : CMD.Corne majestueuse
Emmenée par Cid, l'équipe a désormais pour tâche de récupérer la seconde Méga-Matéria. Pour cela, il faut vous rendre au Fort Condor (regardez la carte si vous ne vous souvenez plus où ça se trouve), au Sud du continent Est. Une fois à destination, passez le premier écran, montez la corde puis l'échelle pour rejoindre l'étage. Grimpez maintenant la seconde échelle pour arriver au dernier étage et discutez avec l'homme regardant par la fenêtre pour débuter le combat (en choisissant l'option « OK prêt. »). Il est conseillé d'attendre un peu avant de placer vos unités (attendre que la ligne rouge soit plus basse) et de ne placer que des Défenseurs (car ils ont le plus de vie et sont puissants contre la plupart des ennemis). Pressez la touche [croix] pour choisir de démarrer la partie, lorsque vous serez préparé au combat. Essayez donc d'éliminer les ennemis avec vos unités (vous pouvez en créer autant que vous voulez, avec de l'argent). Il est à noter que si l'invasion ennemie se produit (si toutes vos unités meurent ou si l'ennemi atteint le sommet du fort), vous serez contraint à combattre le CMD.Corne majestueuse, ce qui est avantageux car celui-ci vous rapportera une Garde impérial si vous le battez. Quand tous les ennemis seront anéantis (ou l'ennemi qui atteint le fort), l'homme vous remerciera et l'œuf du condor éclora. Sortez par la porte de gauche pour constater qu'un nouveau condor est né. Ramassez la matéria d'invocation Phénix et le bébé condor s'envolera. Revenez donc sur vos pas et allez parler à l'homme à côté de la table, au premier étage. Il vous confiera alors la deuxième Méga-Matéria et l'équipe décidera de rendre visite à Clad et Tifa, à Mideel.
La Rivière de la vie
Les deux premières Méga-Matérias en votre possession, Cid et le reste de l'équipe proposeront d'aller voir comment se portent Clad et Tifa. Retournez donc à Mideel et rendez-vous à la clinique pour prendre des nouvelles de l'état de Clad qui, visiblement, n'a pas évolué depuis la dernière visite. Parlez à Tifa et un tremblement interrompra subitement la conversation. Ressortez de la clinique et vous apprendrez que ce tremblement est l'œuvre de la Rivière de la vie, fluide venu des entrailles de la Planète, qui ne va pas tarder à jaillir et très certainement détruire la ville entière. Pour combler le tout, une nouvelle Arme viendra s'inviter dans la panique en survolvant la ville : il s'agit de Dernière arme, qui ne tarde pas à vous attaquer. L'Arme affaiblie, elle s'enfuira et vous pourrez la retrouver par la suite afin de la tuer définitivement (voir ici). Malgré tout, les tremblements deviendront plus violents. Tifa décide alors de quitter la ville avec Clad mais, au lieu de ça, ils tomberont tous les deux dans la Rivière de la vie. Vous allez maintenant découvrir toute la vérité sur le passé de Clad, puisque vous vous retrouvez dans son subconscient, au contrôle de Tifa.
Dès que vous le pourrez, commencez par vous rendre au Nord, pour suivre la scène concernant l'arrivée de Séphiroth à Nibelheim, cinq ans auparavant. Parlez à Clad et rejoignez la ville. Reparlez-lui et la séquence débutera. Ensuite, allez voir le deuxième Clad (celui situé à gauche de l'écran) et parlez-lui pour rejoindre la scène du puits. Allez maintenant voir le troisième Clad (à droite) et adressez la parole au jeune Clad près de la fenêtre. Après le flash-back, suivez le Clad jusqu'au Nord de l'écran, pour revenir à l'arrivée de la Shinra à Nibelheim. Lorsque vous aurez compris ce qu'il s'était réellement passé, Clad reprendra ses esprits et vous vous retrouverez à Mideel, en compagnie de tout le groupe. Dans le Hautvent, faites mine de quitter la pièce et l'homme vous proposera de former une nouvelle équipe. Cait Sith, de son côté, vous proposera d'aller au réacteur sous-marin de Junon, où la troisième Méga-Matéria semble se trouver. Enregistrez votre partie et partez donc en direction de Junon. Notons tout de même qu'à partir de ce moment, il est possible de visionner une nouvelle scène optionnelle. En vous rendant dans le laboratoire au sous-sol du manoir de Nibelheim, un flash-back se déclenchera : vous apprendrez alors comment Clad et Zack se sont enfuis de Nibelheim pour rejoindre Midgar et de quelle façon Zack est mort.