Je viens de lire vos différente hypothèse, il se peut très bien que "Rufus" ne soit pas Rufus, mais trop d´éléments marques que cette personne à un rapport directe avec la Shinra. Mais, si Cait Sith est de la partie, il se peut que cela soit Reeve.
Consernant Jenova, je crois plutôt qu´elle n´est pas de la partie dans le film, Kadaj et cie, ne sont encore au courant de rien, ne savent pas qu´elle est morte et continue de croire qu´elle est encore quelques parts, et tente de l´appelé, il croit que Jenova est sa mère tout comme Sephiroth le croyait, tentant de la ramener, il va ressucité Sephiroth par je ne sais quel biai, puis une scène mythique pleine de suspense, Clad porte Kadaj, pour le sauver en quelques sorte, puis il y a le combat Clad Sephiroth, Kadaj reprenant conscience, refusait de croire que "sa mère" n´est plus et entre dans une colère totale, utilisant toute les materia dont il disposait pour obtenir la force réquise, car il y croyait, je pense que c´est Kadaj l´ultime ennemis du film.
(PS: tout n´est qu´hypothèse)