Oui, en gros, le vrai Sephy dort à la Grotte Nord pendant que Jenova, sous l´apparence de Sephy, attire Clad et les autres vers ce cratère
Pour résumer, on ne voit le vrai Sephy qu´à trois reprises :
-lors du flash-back de Nibelheim ( à Kalm ou dans le subconscient de Clad)
-lors de son sommeil ( dans un cocon) à la Grotte Nord
-éventuellement, à la fin
Le reste ( Bâtiment Shinra, Temple des Anciens, Capitale Perdue, etc...), c´est Jenova