La vérité sur le passé de Sephiroth n´est connue que par les haut-placés de la compagnie Shinra. Ses parents biologiques sont Hojo et Lucrécia. Avant sa naissance, le professeur Gast était à la tête du département de recherches en science de Shinra, et les trois scientifiques faisaient des recherches sur les Anciens (aussi appelés Cetras) à Nibelheim. Ils avaient la protection d´une unité d´élite: Vincent Valentine, des Turks. Celui-ci était en amour avec Lucrécia. Mais elle a opté pour le professeur Hojo, et Vincent dut se faire à l´idée...
Leurs recherches les menèrent à une expérience: Hojo engendre un enfant avec Lucrécia, et il fait une injection de cellules de Jénova dans son utérus avant même que l´enfant ne voit le jour. Lucrécia mourrut quelques temps après la naissance de l´enfant, qu´ils nommèrent Sephiroth, mais les cellules injectées en elle l´empêchèrent d´aller dans l´au-delà (ce qui expliquerait ses apparitions dans la caverne derrière la chute d´eau). Vincent devient fou furieux et exige des explications à Hojo. Celui-ci, las, lui tire dans le bras gauche. Ensuite, il l´opère (c´est là qu´il reçut son bras de métal) et l´enferme dans le laboratoire. Désirant garder leurs activités sous silence, Hojo et Gast déclarent les recherches à Nibelheim terminées et le labo est abandonné. Gast poursuivra ses recherches, mais il ne fera plus jamais d´expériences du genre. Quant à Hojo, il garda l´enfant et continua ses expériences.
Sephiroth grandit et fut pris en charge par la Shinra. Ignorant l´identité de sa mère, on lui raconte qu´elle s´appellait Jénova (je crois que c´est pour camoufler la cause du décès de Lucrécia).
Dans un milieu militaire, un enfant ne peut que devenir un fier combattant, Sephiroth fait ses preuves et accomplit des exploits qui jusque-là semblaient impossibles pour l´être humain. Il devient le général le plus haut gradé de l´armée en un temps record! Jouissant d´une force physique grandement supérieure, il devient vite le héros de jeunes garçons tels que Clad Strife...
À 14 ans, Clad quitte Nibelheim, où il a grandi, dans le but d´entrer dans le SOLDAT, l´organisation militaire dirigée par la Shinra. Il ne montera jamais en grade, mais à ses 16 ans, son rêve se réalise et on lui assigne une mission consistant à escorter Sephiroth. Lui, un autre de son grade, Sephiroth et un soldat de première classe nommé Zack sont tous assignés à Nibelheim...
À Nibleheim, Clad n´annonce pas sa présence, trop honteux d´être demeuré à un bas niveau militaire. Il revoit Tifa, mais il ne retirera jamais son masque devant elle. Avant la mission, une photo de Zack, Tifa et Sephiroth est prise par un photographe de la région, et ils poursuivent leur chemin vers le réacteur.
C´est là qu´ils trouvent la chambre forte comprenant une partie de l´organisme Jénova ainsi que ses clones. Tous gardés dans une chambre individuelle sous pression, ils ne s´agitent pas au début. Puis, Sephiroth voit une porte où est inscrit "Jénova"...
Une frayeur s´empare de lui, et il passe une nuit dans l´ancien laboratoire à faire des recherches sur les expériences de Gast, Lucrécia et Hojo, 25 ans plus tôt. Il ne découvrira jamais autre chose qu´il a été créé pour une expérience. Il se croit fils de l´organisme Jénova et de la race des Cetras.
Il apprend aussi de quelle façon Jénova voulait détruire la planète... croyant que son existence et sa grande puissance n´étaient que mensonges, il entre dans une rage folle et met le feu à la ville entière, convaincu qu´il doit continuer ce qu´avait commencé sa "mère"... Sephiroth retourne alors au réacteur pour aller chercher Jénova. Il lui explique qu´il doit l´emmener à la Terre Promise, une terre incroyablement riche en Mako. De là, ils pourraient détruire la planète et absorber l´énergie qu´elle produirait pour se guérir, ce qui démolirait la structure même de celle-ci! Des gens voulurent se mettre dans le chemin de Sephiroth: Le père de Tifa, Tifa elle même, Zack... Le premier y a laissé sa vie; les deux autres furent grièvement blessés. Puis, Clad arriva. Il surprit Sephiroth par l´arrière et lui enfonça son épée dans l´épaule. Il se retira ensuite pour mettre Tifa à l´abri, et laissa Sephiroth redescendre plus bas avant de se mettre à sa poursuite. Les clones commencent à réagir...
Au-dessus du puits de Mako, un duel allait se préparer. Sephiroth se retourna et enfonça son sabre "Masamune" dans ce qu´il croyait être le coeur de Clad. Surprise! Clad l´avait reçu sous son bras droit! Il la souleva, ainsi que son propriétaire, et les projetèrent tous deux dans les profondeurs de la Mako...
«Sephiroth, vaincu par un soldat bas de gamme!» Voulant éviter de telles annonces, La Shinra firent de Clad et Zack (les deux seuls témoins) des cobayes expérimentaux, et prononcèrent la mort de Sephiroth comme un accident. Nibelheim fut reconstruit et des employés de la Shinra remplacèrent les habitants morts, afin de camoufler ces évènements.
Clad reçut la même injection que Sephiroth et les clones de Jénova. Alors que Zack allait la recevoir, ils réussirent à s´échapper. Ils furent malheureusement repérés très tôt. Zack se fit descendre, et on abandonna Clad dans son état. Il devint mercenaire, gardant une fausse image de ses souvenirs (probablement un effet secondaire de l´expérience)...
Une partie restreinte de l´organisme Jénova demeura en vie. On le mit à Midgar, le rendant moins accessible. Hojo y continua ses expériences...
Cinq ans plus tard, Tifa retrouve Clad à la gare du secteur 7. Ils commencent à bavarder, il lui parle de son passé... Mais Tifa n´a pas les mêmes souvenirs que lui. Elle ne lui fait pas part de son inquiétude, mais elle veut en savoir un peu plus. C´est pourquoi elle demanda à Clad de se joindre à AVALANCHE. Et lorsque Aeris fut kidnappée par la Shinra et qu´AVALANCHE s´est mis à sa recherche, les membres de l´équipe ainsi qu´Aeris furent emprisonnés.
Puis, sans explications particulières, la porte de la cellule de Clad s´est ouverte. Alors qu´ils se sauvaient, ils découvrirent que Jénova avait disparu et que le président et plusieurs employés furent tués. C´était l´oeuvre de Sephiroth! Il était venu voler Jénova, et son éloignement a provoqué le magnétisme entre lui et Clad (c´est peut-être la raison qui a fait que seule la porte de la cellule de Clad était ouverte)... Alors qu´ils se mirent à sa recherche, Hojo voyait l´instant venir où sa théorie de la "Réunion" ferait ses preuves. La Réunion, selon lui, rassemblerait tous les clones de Jénova à la Terre Promise, et Jénova reprendrait vie dans un autre corps pour terminer ce qu´elle avait commencé 2000 ans plus tôt. Il avait eu raison...
Alors que Clad croyait poursuivre Sephiroth, il ne poursuivait qu´une illusion produite par Jénova (ce qui explique les multiples répliques du sabre "Masamune", dont celle laissée dans le corps du président Shinra). En fait, le "vrai" Sephiroth a été conservé dans la Mako, enveloppé dans une espèce de cocon. La Materia Noire en main, Jénova s´empara de son corps pour se réunir en un seul morceau et ainsi invoquer "Météore", pour détruire la planète...
Clad, moitié clone, moitié normal, ne sera pas entièrement normal tant que toutes les cellules de Jénova seront détruites. Lorsque vous vaincrez Sephiroth, Lucrécia reposera en paix, Clad sera libéré, et le monde sera sauvé
