Télécharge le plugin qui permet d'isoler les traits. Ensuite tu colories. Normalement, ça devrait bien se passer. Ou sinon, augmente la tolérence, séléctionne tes traits et inverse la séléction. Ensuite tu colories. Ou encore, tu ajoutes un nouveau calque, tu le rends un peu transparent pour voir celui avec tes dessins, et tu les redessines avec les outils de paint.net (traits/courbes, pinceau, ou crayon). Puis tu colories. Je te conseille surtout cette technique, qui est plus longue, mais qui devrait donner un meilleur résultat.