After Effects fonctionne avec des calques alpha/luinosité.
Il suffit de mettre ton calque contenant les infos alpha juste au dessus du calque cible, et dans le calque cible sélectionner Alpha/Alpha Inversé/Luminosité/Luminosité Inversée.
http://helpx.adobe.com/fr/after-effects/using/alpha-channels-masks-mattes.html