Bah bien sûr qu'il sera vierge. Tu croyais qu'il y avait une fonction "colorisation automatique de mon dessin scanné" dans Photoshop ? 
Tu n'as pas à dupliquer le calque du croquis, sinon quand tu décoches l'oeil on voit toujours celui du dessous.
Je vais faire simple:
1. tu ouvres ton scan avec ton croquis
2. tu verrouilles ce calque
3. tu créés un nouveau calque
4. tu fais ta colo sur ce nouveau calque
Si là c'est pas clair tu cliques sur la croix en haut à droite pour fermer Paint et tu ouvres Photoshop. ça devrait mieux fonctionner 