Si vraiment tu veux installer 98 sur ton second disque dur, tu devrais chercher un moyen de ne connecter que celui-là, par exemple avec un rack IDE pour switcher les disques dur et n´en brancher qu´un seul à la fois (y a-t-il des rack SATA ? je l´ignore)
Après 98 devrait de proposer, pour s´installer, de reformater le disque en FAT32. Et ton problème m´étonne parce que dans la liste des systèmes de fichiers j´ai le choix entre FAT32 et NTSC. Sinon tu peux essayer de bouter sur le CD de 98, ça lance un petit MS-DOS avec la commande format fisponible, mais si tu formate le mauvais disque ça va faire mal, sachant qu´il peut très bien affecter les lettres de lecteur aux disques dur différemment... donc pour faire ça mieux vaut que seul le disque sur lequel tu veux installer 98 soit branché.