D'ailleurs j'ai testé de mon côté, en modifiant un peu la config d'express (app.configure()) [ https://wall.deblan.org/x1951/javascript/1/ ].
Sur mon exemple la page HTML contient juste le script client de socket.io et `var socket = io.connect('/');`.
Avec ça ça marche sans problème (express 3.4.6 et socket.io 0.9.16).
Sur la première requête j'ai bien un `Set-Cookie:connect.sid=xxx; Path=/; HttpOnly`, et je le retrouve à la connexion du socket `cookie: 'connect.sid=xxx'`.