Bonjour

J'essaie d'écrire un script qui compare les positions d'une sequence spécifique face aux positions des genes du genome humain pour savoir entre autre si mes sequences d'intérêt se situent a l'interieur ou a l'exterieur des genes. La position de depart et de fin de chaque sequence et gene se trouve dans une liste.

Mon idee était donc d'utiliser le position de depart de ma sequence d'intérêt et de la comparer a la position de depart et de fin de chaque gene via un test logique (avec bien sur d'autre tests pour savoir si la sequence est entièrement a l'interieur du gene ou a cheval) sur le principe suivant:

if Start_Genes[i] < Start_Seq[j] < End_Genes[i]:
Seq_in_genes += 1

Mon problème est que j'obtiens certes quelques matchs (une vingtaine) mais largement inferieur au nombre attendu (au moins plusieurs centaines). Je n'arrive pas a comprendre ce qui cloche

Merci d'avance

(Je n'ai pas insérer le code parce qu'il est sur un autre ordinateur mais je peux le rajouter si besoin).

Bonjour,

Il doit exister des 1000 de codes pour faire du calcul sur des séquences... tu dois vraiment écrire le 1001ème ?

"Il doit exister des 1000 de codes pour faire du calcul sur des séquences... tu dois vraiment écrire le 1001ème ? "

J'ai regarder dans la doc de biopython et sur les forums pour la comparaison de listes mais j'ai pas trouvé de code sur lequel me baser (je ne m'attendais pas non plus a avoir un probleme la dessus aussi)

Je n'y connais pas grand chose en bio-info, et rien en biopython. Je peux cependant te donner deux conseils très généraux (mais souvent utiles) :

1. Essaie de vérifier ton approche à la main ou à l'aide d'un débogueur sur une série de petits exemples que tu maîtrises bien.

2. Essaie de reformuler ton problème autrement pour voir si ça ne correspondra pas mieux à du code déjà existant.

J'ai régler mon problème La cause du malfonctionnement provenait d'un break mal placé dans une des mes loops qui entrainait un arret prematuré d'un des mes itérateurs (et donc du nombre de matchs par ricochet)