"Pour la faire et dessiner les personnages, il est mieux de prendre un logiciel a part pour manipuler la 3D ou la plupart le font sans logiciel et seulement avec le langage de programmation (comme avec openGl en c#) ? "
La plupart utilisent un logiciel à part, par exemple 3Ds Max pour générer les modèles 3D. Et souvent pour les maps, le créateur du moteur 3D se fabrique un logiciel rien pour lui (comme l'éditeur du CryEngine) pour se simplifier le travail.
Le rôle du moteur 3D est alors de pouvoir charger ces fichiers et de les rendre à l'écran.
Par exemple pour Call Of Duty, il doit probablement exister un éditeur de maps qui a été conçu puis utilisé par les concepteurs du jeu. Si tu veux créer tes propres maps pour Call Of Duty, tu dois utiliser cet éditeur.