En l´occurrence, je me suis dit qu´on devait quand même pouvoir écrire dans un exe qui tourne vu que le système de patch de linux fait ça (je peut mettre à jour firefox pendant que je m´en sers, mais les modification ne prennent effet qu´après redémarrage du logiciel).
Donc je vous ai pondu un petit programme qui fait ça, l´idée est de détruire complètement le fichier du programme et de le récrire plutôt que de chercher à le modifier.
http://repository.sectionpc.info/C/selfwrite.c
si vous compilez ça sous linux (ou sous cygwin peut-être, ou sous windows XP ou mieux avec interix, ou sous 2003 R2 ou vista avec la couche posix) avec gcc et que vous lancez ensuite le programme deux fois de suite, il vous affichera deux messages différents (même si vous changez l´exécutable de machine).