Le task manager te permet de tuer tous les processus sur lesquels tu as des droits. Donc tant que c´est l´utilisateur courant qui lance le processus il n´y aura pas de probleme.
Si parcontre (comme le sugère jack) tu fais un service windows, alors seul un utilisateur ayant les droits administrateur pourra arrété le service en allant dans panneau de config->outils d´administration->services.
Finalement, pour faire une appli qui n´ouvre pas de console, il suffit de ne pas faire une "win32 console application". Je ne me rappele plus du nom des applications non console par contre.
je tiens a rappeler qu´en général sous windows on aime pas avoir des processus "invisibl" et qu´il pourrait etre de bon ton de laisse une icone dans la zone de notification pour pouvoir l´arreter proprement.