si tes programmes utilise des fonction standard du C (c´est à dire si tu n´inclue pas d´en tête du gerne dos.h windows.h etc.) alors tu devrais pouvoir le compiler sans problème et l´exéucter sous linux.
Mais il faudra compiler une fois le programme pour linux et une fois pour windows : tu ne peut pas utiliser le même exécutable sur les deux OS.
P.S. Il ne faut pas confondre un programme en mode console (ce que tu fait je pense) et un programme MS-DOS, qui n´ont pas grand chose en commum (si ce n´est le mode console).