je suppose qu´il veut zipper son dossier puis le cryper comme un fichier normal.
Auquel cas winrar dois-pouvoir faire l´affaire, sauf que s´il n´est pas dans le "path" tu ne pourras pas l´utiliser aussi facilement de la ligne de commande.
Sinon tu peut utiliser un utilitaire genre tar qui dois exister pour windows et que tu peut mettre dans le dossier windows.