En gros, tu as un mot par ligne dans ton fichier, si je comprends bien la description de ta structure de données
Je te dirais d´ouvrir un fichier de sortie, d´ouvrir ton fichier d´entrée, d´en lire chaque ligne dans un bon vieux buffer avec un fgetline() des familles, de la comparer d´un coup de strcmp() avec le mot recherché, et s´il est bien différent de l´ajouter au fichier de sortie.
Après, si tu tiens à travailler sur le même fichier en entrée et en sortie, tu n´auras qu´à passer par un fichier temporaire, ou une bonne liste chainée en mémoire.