Mais pour répondre à ta question, même si tu ne te trompe pas car tu peut très bien faire un programme windows en sélectionnant Console application, c´est plus facile de le faire (en totu cas quand tu débute) si tu sélectionne win32 application.
Ensuite tu ne prend pas un projet vide mais un projets par défaut (ou même avec le application wizard tu peut faire des trucs plus évolué, mais il faudrait que tu disent quelle version de Visual C++ tu utilise ou quel logiciel si ce n´est pas VC++).
Et là tu auras tout le code qui crée une fen^$etre windows avec peut-être un menu à propos et un menu quitter (ça dépend de ce que tu coche et de la version de ton programme).
Le code que tu auras n´est pas simple mais petit à petit tu peut progresser dedans pour comprendre comment marche une application windows. En totu cas, moi c´est ce que j´ai fait, mais je te conseille d´avoir déjà un certain niveau en C (même s´il ne doit pas nécessairement être très très élevé) avant de le faire.